İlgide kayıtlı özelge talep formunun incelenmesinden, üniversiteniz bünyesinde kamu kurum ve kuruluşları ile TÜBİTAK tarafından desteklenen ve yürütülen Ar-Ge ve Yenilik projeleri ile Avrupa Birliği ve Uluslararası fonlarca desteklenen Ar-Ge ve yenilik projelerinin 5746 sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun'da yer alan gelir vergisi stopajı teşviki, sigorta primi desteği ve damga vergisi istisnasından yararlanıp yararlanamayacağı hususlarında görüş talep edildiği anlaşılmıştır.

            A) KURUMLAR VE GELİR VERGİSİ  YÖNÜNDEN

            5746 sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun'un 3 üncü maddesinde, "İndirim, İstisna, Destek ve Teşvik Unsurları" başlığı altında Ar-Ge indirimi, gelir vergisi stopajı teşviki, sigorta primi desteği, damga vergisi istisnası ve teknogirişim sermayesi desteği uygulamasına ilişkin hükümler yer almakta olup, anılan maddenin 2 numaralı fıkrasında;

            "Gelir vergisi stopajı teşviki: Kamu personeli hariç olmak üzere teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile (5904 sayılı Kanunun 28'inci maddesiyle değişen ibare. Yürürlük; 01.08.2009) kanunla kurulan veya teknoloji geliştirme projesi anlaşmaları kapsamında uluslararası kurumlardan ya da kamu kurum ve kuruluşlarından Ar-Ge Projelerinin desteklemek amacıyla fon veya kredi kullanan vakıflar tarafından veya uluslar arası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projelerinde, teknogirişim sermaye desteklerinden yararlanan işletmelerde ve rekabet öncesi işbirliği projelerinde çalışan Ar-Ge ve destek personelinin; bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretlerinin doktoralı olanlar için yüzde doksanı, diğerleri için yüzde sekseni gelir vergisinden müstesnadır." hükmü yer almaktadır.

            Anılan Kanunun "Uygulama ve denetim esasları" başlıklı 4 üncü maddesinde;

            "(1) Bu Kanun kapsamındaki destek ve teşvik unsurlarından yararlananların bu Kanunda ön görülen şartları taşıdıklarına ilişkin tespitler en geç iki yıllık süreler itibarıyla yapılır.

            (2) Bu Kanunun 3 üncü maddesinde belirtilen gelir vergisi stopajı ve sigorta primi işveren hissesine ilişkin teşviklerden yararlanacak olan destek personelinin tam zaman eşdeğeri sayısı, toplam tam zamanlı Ar-Ge personeli sayısının yüzde onunu geçemez.

             (3) Asgari Ar-Ge personeli sayısının hesabında fiilen ve tam zamanlı olarak çalışan personelin üçer aylık dönemler itibarıyla ortalaması esas alınır.

             ..." hükümlerine yer verilmiştir.

            Konuya ilişkin olarak yayımlanan "Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesine İlişkin Uygulama ve Denetim Yönetmeliği" nin "Gelir vergisi stopajı teşviki uygulaması" başlıklı 10 uncu maddesinde;

            "(1) Teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projeleri ile rekabet öncesi işbirliği projelerinde ve toknogirişim sermaye desteklerinden yararlanan işletmelerde çalışan Ar-Ge ve destek personelinin; bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretlerinin doktoralı olanlar için %90'ı, diğerleri için %80'i gelir vergisinden müstesnadır. Bu istisnanın hesaplanmasında, bu kapsamdaki personelin fiilen Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerine ayırdıkları zamanın toplam çalışma zamanına oranı dikkate alınır.

            (2) Gelir vergisi istisnasından yararlanacak olan destek personelinin tam zaman eşdeğeri sayısı, toplam tam zamanlı Ar-Ge personeli sayısının %10'unu aşamaz. Küsuratlı sayılar tama iblağ edilir. Destek personelinin toplam tam zamanlı Ar-Ge personeli sayısının %10'unu aşması halinde, brüt ücreti en az olan destek personelinin ücretinden başlamak üzere istisna uygulanır. Brüt ücretlerin aynı olması halinde, ücretine gelir vergisi istisnası uygulanacak destek personeli işverence  belirlenir.

            (3) Birinci fıkra kapsamında belirtilen projelerde görev alan ve/veya işletmelerde çalışan kamu personeli belirtilen istisnadan yararlanamaz.

            (4) Teşvik uygulamasında, istisna, Ar-Ge ve yenilik faaliyeti kapsamında çalışmaya ilişkin ücret matrahına uygulanır ve sadece vergiye tabi ücret üzerinden tevkif edilen tutar muhtasar beyannameye yansıtılır. Muhtasar beyanname ekinde, istisnadan yararlandırılan ücretlilere ilişkin olarak içeriği Maliye Bakanlığınca belirlenecek olan bildirim işverenlerce doldurulur ve bağlı bulunan vergi dairesine verilir.

            (5) Kanun kapsamında gelir vergisi istisnasından yararlanan personel için 29/1/2004 tarihli ve 5084 sayılı Yatırımların ve İstihdamın Teşviki ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılması Hakkında Kanunun aynı mahiyetteki hükümlerinden aynı vergilendirme dönemi içinde ayrıca yararlanılamaz. Ancak, Ar-Ge ve destek personeli dışında kalan personel  ile tam zamanlı Ar-Ge personeli sayısının %10'unu aşan tam zaman eşdeğer destek personeli için gerekli şartların taşınması halinde, 5084 sayılı Kanunda öngörülen destek ve teşvik unsurlarından yararlanılabilir." açıklamalarına yer verilmiştir.

            Anılan yönetmeliğin "Ar-Ge ve yenilik projeleri" başlıklı 20 inci maddesinde de;

            "(1) Ar-Ge ve yenilik projeleri, başvuru yapılan kamu kurumu ile kanunla kurulan vakıflar tarafından kendi mevzuatına göre değerlendirilir. Teknoloji merkezi işletmeleri ile Ar-Ge merkezlerinde yürütülen, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan vakıflar tarafından desteklenen veya TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projeleri yeniden incelemeye tabi tutulmaksızın, Ar-Ge ve yenilik projelerine yönelik destek karar yazısının düzenlendiği veya proje sözleşmesinin yürürlüğe girdiği tarih itibarıyla Kanunla sağlanan destek ve teşvik unsurlarından yararlanabilir.

            (2) Birinci fıkraya girmeyen, Türkiye'nin antlaşmalarla taraf olduğu ikili ya da çok taraflı uluslararası Ar-Ge işbirliği programları fonlarından mali olarak desteklenen Ar-Ge ve yenilik projelerini yürüten işletmeler de Kanun kapsamındaki destek ve teşviklerden söz konusu proje kapsamında ve proje destek süresince yararlanırlar. Uluslararası Ar-Ge işbirliği programlarınca desteklenen Ar-Ge projelerinin Kanunla sağlanan destek ve teşvik unsurlarından yararlanabilmesi için uluslararası programa yapılan proje başvurusu, başvurulan programa ait bilgiler, destek yazısı veya sözleşmesi ve teşvikten yararlanacak işletmenin projedeki katkısını içeren bilgilerle birlikte TÜBİTAK'ın incelemesine sunulur.

            (3) İkinci fıkra kapsamında destek ve teşviklerden yararlanacak işletmeler, TÜBİTAK'ın onay yazısının düzenlendiği tarih itibarıyla Kanunla sağlanan destek ve teşviklerden yararlanırlar." açıklamalarına yer verilmiştir.

            1 Seri No.lu 5746 sayılı Kanun Genel Tebliğinin "3.2 Uygulamanın Başlangıcı" başlıklı bölümünde ise, "Gelir vergisi stopajı teşviki uygulaması 1/4/2008 tarihinden itibaren yürürlüğe girmiştir. Teşvik uygulamasından bu Kanun uyarınca yayımlanan "Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesine İlişkin Uygulama ve Denetim Yönetmeliği"nde yer alan usul ve esaslar çerçevesinde yararlanılacaktır.

            Bu nedenle anılan yönetmelikte yer alan hükümler çerçevesinde;

            -Ar-Ge merkezlerinde, Ar-Ge merkezi belgesinin düzenlendiği,

            -Rekabet öncesi işbirliği projelerinde, proje sözleşmesinin yürürlüğe girdiği,

            -Teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge ve yenilik projesinin onaylandığı,

                   -Teknogirişim sermaye desteklerinde, kamu idaresi tarafından iş planının onaylandığı,

            -Kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projelerinde, destek karar yazısının düzenlendiği veya proje sözleşmesinin yürürlüğe girdiği tarihten itibaren gelir vergisi stopajı teşvikinden yararlanılabilecektir.

            Öte yandan, 5746 sayılı Kanunun yürürlüğe girdiği tarihten önce başlanılmış olan Ar-Ge ve yenilik projelerinde;

            -Kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projelerine ilişkin destek karar yazısı veya proje sözleşmesinin 1/4/2008 tarihinden önce yürürlüğe girmesi halinde 1/4/2008,

            -Ar-Ge merkezlerinde yürütülen Ar-Ge ve yenilik projelerinde, Ar-Ge merkezi belgesinin düzenlendiği, tarih itibariyle gelir vergisi stopajı teşviki hükümlerinden yararlanılacaktır.

            ..." açıklamaları yer almaktadır.

            Bu hüküm ve açıklamalar çerçevesinde, üniversiteniz bünyesinde Kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan veya teknoloji geliştirme projesi anlaşmaları kapsamında uluslararası kurumlardan ya da kamu kurum ve kuruluşlarından Ar-Ge projelerini desteklemek amacıyla fon veya kredi kullanan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projelerine destek karar yazısının düzenlendiği veya proje sözleşmesinin yürürlüğe girdiği tarihten itibaren anılan Kanunda belirtilen oransal sınırlar dikkate alınarak Ar-Ge ve destek personeline ödenecek ücretlerin gelir vergisi stopajı teşvikinden yararlandırılması mümkün bulunmaktadır.

            Diğer taraftan üniversiteniz bünyesinde Kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan veya teknoloji geliştirme projesi anlaşmaları kapsamında uluslararası kurumlardan ya da kamu kurum ve kuruluşlarından Ar-Ge projelerini desteklemek amacıyla fon veya kredi kullanan  vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projelerine 5746 sayılı Kanunun yürürlüğe girdiği tarihten önce başlanılması ve destek karar yazısı veya proje sözleşmesinin 1/4/2008 tarihinden önce yürürlüğe girmesi halinde yine anılan Kanunda belirtilen şartlar dahilinde 1/4/2008 tarihinden itibaren Ar-Ge ve destek personelinin gelir vergisi stopajı teşvikinden yararlanacağı tabiidir. 

            B)  DAMGA VERGİSİ YÖNÜNDEN

            488 sayılı Damga Vergisi Kanununun 1 inci maddesinde, bu Kanuna ekli (1) sayılı tabloda yazılı kağıtların damga vergisine tabi olduğu, bu Kanundaki kağıtlar teriminin, yazılıp imzalanmak veya imza yerine geçen bir işaret konmak suretiyle düzenlenen ve herhangi bir hususu ispat veya belli etmek için ibraz edilebilecek olan belgeler ile elektronik imza kullanılmak suretiyle manyetik ortamda ve elektronik veri şeklinde oluşturulan belgeleri ifade ettiği; 3 üncü maddesinde, damga vergisi mükellefinin kağıtları imza edenler olduğu hükme bağlanmıştır.

            Öte yandan, 12/3/2008 tarih ve 26814 sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak 1/4/2008 tarihinde yürürlüğe giren ve Kanunun 6 ncı maddesi uyarınca 31/12/2023 tarihine kadar uygulanacak olan 5746 sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkındaki Kanunun 2 nci maddesinin, 1/a fıkrasında, araştırma ve geliştirme faaliyetinin (Ar-Ge), araştırma ve geliştirme, kültür, insan ve toplumun bilgisinden oluşan bilgi dağarcığının artırılması ve bunun yeni süreç, sistem ve uygulamalar tasarlamak üzere kullanılması için sistematik bir temelde yürütülen yaratıcı çalışmalara çevre uyumlu ürün tasarımı veya yazılım faaliyetleri ile alınan bilimsel ve teknolojik gelişme sağlayan, bilimsel ve teknolojik bir belirsizliğe odaklanan, çıktıların özgün, deneysel,  bilimsel ve teknik içerik taşıyan faaliyetleri; 1/b fıkrasında, yeniliğin, sosyal ve ekonomik ihtiyaçlara cevap verebilen, mevcut pazarlara başarıyla sunulabilecek ya da yeni pazarlar yaratabilecek; yeni bir  ürün, hizmet, uygulama, yöntem veya iş modeli fikri ile oluşturulan süreçleri ve süreçlerin neticelerini; 1/ç fıkrasında, Ar-Ge projesinin, amacı, kapsamı, genel ve teknik tanımı, süresi, bütçesi, özel şartları, diğer kurum kuruluş, gerçek ve tüzel kişilerce sağlanacak ayni ve/veya nakdi destek tutarları, sonuçta doğacak fikri mülkiyet haklarının paylaşım esasları tespit edilmiş ve Ar-Ge faaliyetlerinin her safhasını belirleyecek mahiyet ve bilimsel esaslar  çerçevesinde hazırlanan projeyi ifade ettiği; 3 üncü maddesinin 4 üncü fıkrasında, Kanun kapsamındaki her türlü Ar-Ge ve yenilik faaliyetleri ile ilgili olarak düzenlenen kağıtlardan damga vergisi  alınmayacağı hüküm altına alınmıştır.

            5746 sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkındaki Kanunda belirtilen damga vergisi istisnasına ilişkin usul ve esaslara yönelik olarak 7/7/2009 tarih ve 27281 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 3 Seri No.lu "5746 Sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun Genel Tebliği"nin "3.1 Uygulama Esasları" başlıklı bölümünde;

            "5746 sayılı Kanunun 3 üncü maddesinin (4) numaralı fıkrası uyarınca, bu Kanun ve ilgili yönetmelikte kapsam ve sınırları belirtilen Ar-Ge ve yenilik faaliyetleri ile ilgili olarak düzenlenen kağıtlar damga vergisinden müstesna olacaktır.

            Bu çerçevede, Kanun ve yönetmelik kapsamındaki Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerinde istihdam edilen personele münhasıran bu görevleri ile ilgili olarak yapılan ücret ödemeleri nedeniyle düzenlenen  kağıtlara da istisna uygulanacaktır.

            Diğer taraftan, noter, resmi daireler, diğer kamu kurum ve kuruluşları gibi kurum ve kuruluşlarca, 5746 sayılı Kanun kapsamında Ar-Ge ve yenilik faaliyetleri ile ilgili olarak düzenlenen kâğıtlara damga vergisi istisnası uygulanabilmesi için,

             - Ar-Ge ve yenilik faaliyeti kapsamında yapılacak işlemleri belirten ve desteği veren kamu kurum ve kuruluşu,

            - Ar-Ge merkezleri ile rekabet öncesi işbirliği projeleri için başvuru yapılan kamu kurumu,

            - Teknoloji merkezi işletmeleri için Teknoloji Geliştirme Merkezi (TEKMER) Müdürlüğü,

            - Uluslararası fonlarca desteklenen ya da Türkiye  Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK),

            tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik  projeleri için TÜBİTAK tarafından onaylı listenin, mükellef tarafından işlem esnasında bu işlemi yapacak kurum ve kuruluşlara ibraz edilmesi yeterli olup, söz konusu kurum ve kuruluşlarca başkaca bir belge aranmayacaktır. Ancak, işleme konu edilecek kâğıtların Ar-Ge ve yenilik faaliyeti kapsamında olduğunun onaylı listeden anlaşılması gerekmektedir. Onaylı listenin işlem esnasında ibraz edilmemesi halinde, işlem yapanlarca istisna uygulanması mümkün bulunmamaktadır." açıklamalarına yer verilmiştir.

            Buna göre, 5746 sayılı Kanun ve ilgili yönetmelik kapsamında yürütülen Ar-Ge veya yenilik faaliyetlerine ilişkin olarak düzenlenen kağıtlar damga vergisinden istisnadır.

            Bu durumda, 1/4/2008 tarihinde yürürlüğe giren 5746 sayılı Kanun ve ilgili yönetmelik kapsamındaki Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerinde istihdam edilen personele münhasıran bu görevleri ile ilgili olarak yapılan ücret ödemeleri nedeniyle düzenlenen kağıtlar ile kamu kurum ve kuruluşlarınca desteklenen Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerinde  desteği veren kamu kurum ve kuruluşları ile uluslararası fonlarca desteklenen yadaTürkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK) tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projeleri için TÜBİTAK tarafından onaylı listeden Ar-Ge ve yenilik faaliyeti kapsamında olduğu anlaşılan iş ve işlemlerle ilgili olarak düzenlenen kağıtlara 5746 sayılı Kanun kapsamında damga vergisi istisnası uygulanması gerekmektedir.

            Ancak, söz konusu kağıtların Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerinin yanı sıra proje neticesinde elde edilecek ürünün ya da Ar-Ge ve yenilik faaliyeti dışındaki unsurların alım/satım hususlarını da ihtiva etmesi halinde bu kağıtların anılan Kanun kapsamında damga vergisi istisnasından yararlanamayacağı tabiidir.

Bilgi edinilmesini rica ederim.

(*)     Bu Özelge 213 sayılı Vergi Usul Kanununun 413.maddesine dayanılarak verilmiştir.

(**)   İnceleme, yargı ya da uzlaşmada olduğu halde bu konuya ilişkin olarak yanlış bilgi verilmiş ise bu özelge geçersizdir.

(***) Talebiniz üzerine tayin edilmiş olan bu özelgeye uygun işlem yapmanız hâlinde, bu fiilleriniz dolayısıyla vergi tarh edilmesi icap ederse, tarafınıza vergi cezası kesilmeyecek ve tarh edilen vergi için gecikme faizi hesaplanmayacaktır.