3218 sayılı Serbest Bölgeler Kanunu'nun ilk şeklinde bu bölgelerde çalışanların ücretleri Gelir Vergisinden muaf tutulmuştur. Daha sonra 5084 sayılı Kanun'la bu muafiyet kaldırılmakla birlikte 31.12.2008 tarihini geçmemek üzere serbest Bölgelerde çalışan şirketlerin ruhsat tarihleri sone erene kadar uygulanması öngörülmüştür. Son olarak da 5810 sayılı Kanun'la, bu bölgelerde ürettikleri ürünlerin FOB bedelinin en az %85'ini yurtdışına ihraç eden mükelleflerin istihdam ettikleri personele ödedikleri ücretlerin, işletme maliyetlerini düşürebilmek amacıyla, gelir vergisinden müstesna tutulmasına devam edilmesi hükme bağlanmıştır. 5810 sayılı Kanun'la yapılan bu son düzenlemenin amacı ise anılan koşulu gerçekleştiren şirketler için 3218 sayılı Kanun'un ilk şeklindeki muafiyetin sürdürülmesi olarak gerekçelendirilmiştir.

Maliye Bakanlığı da 3218 sayılı Kanun'un 5810 sayılı Kanun'la değişik geçici 3. maddesinin verdiği yetkiye dayanarak, bu maddede yazılı “Bu bölgelerde üretilen ürünlerin FOB bedelinin en az %85’ini yurtdışına ihraç eden mükelleflerin istihdam ettikleri personele ödedikleri ücretler gelir vergisinden müstesnadır.” hükmündeki % 85 koşulunun gerçekleşip gerçekleşmediğini izleyebilmek maksadı ile 1 seri no’lu Serbest Bölgeler Kanunu Genel Tebliği ile bazı açıklama ve düzenlemelerde bulunmuştur.

Anılan genel tebliğde yer alan düzenlemeye göre serbest bölgelerdeki şirketler iki şekilde uygulama yapılabilecektir. Birinci uygulama türüne göre; serbest bölgede faaliyet gösteren şirketler, söz konusu ücretler üzerinden sanki hâzineye ödenecekmiş gibi gelir vergisi kesintisi hesaplayacaklar, beyan edecekler, ancak muhtasar beyanname ek’inde şekli belli bir formu doldurarak kesilen vergileri vergi dairesine yatırmayacaklar (tecil ettirecekler), ancak daha sonra anılan % 85 ihracat koşulunun gerçekleştiğini YMM raporu ile tevsik edecekler ve bu tahsili ertelenen (tecil edilen) vergi kesintileri vergi dairesi tarafından silinecektir (terkin edilecektir). İkinci uygulama türüne göre ise serbest bölgede faaliyet gösteren şirketler söz konusu ücretler üzerinden gelir vergisi kesintisi hesaplayacaklar, beyan edip vergi dairesine yatıracaklar, daha sonra % 85 ihracat koşulunun gerçekleştiğini YMM raporu ile tevsik ettikleri takdirde bu yatırılan vergi kesintileri Şirkete red ve iade edilecektir. Genel tebliğin bu düzenlemesi aleyhine açılan iptal davaları ise “kanun hükmünü daraltan veya aşan bir yönünün bulunmaması sebebiyle” Danıştay tarafından reddedilmiştir. 

Başlangıçta ücret üzerinden hiç vergi hesaplamama ile genel tebliğ’de öngörülen bu iki uygulama şekli, sonuç itibariyle aynı olmakla birlikte uygulamada şirketler zorunlu olarak genel tebliğ uyarınca hareket etmektedir. Birinci uygulama türü genellikle red ve iade almanın zorluğu nedeniyle seçilmekte, ikinci uygulama türü ise yıl sonunda Kanunda öngörülen ihracat koşulu gerçekleştirme konusunda tereddüt yaşayan şirketler tarafından seçilmektedir.

Ancak bu şekilde başlangıçta ücret üzerinden vergi hesaplanıp sonradan işveren tarafından terkin yahut iade yoluyla geri alınması, çalışanlarda ve hatta sendikalarda yanlış izlenimler yaratmış, sanki buradaki muafiyetin çalışanlara tanınmış olduğu şeklinde yorumlar yapılmıştır. Bu nedenle işverenler tarafından alınan bu verginin ücretlilere iade edilmesi veya yansıtılması gerektiği talepli pek çok dava açılmıştır. 

Oysa burada tanınan ayrıcalık işletmelerin maliyetlerini düşürme ve özellikle ihracatta avantajlı rekabet koşullarına sahip olmasını sağlama amaçlıdır. Burada korunan menfaat, çalışanın değil, üretici- ihracatçı işletmenindir. Nitekim 3218 sayılı Kanunun ve diğer değişikliklerin gerekçeleri bunu açıkça ortaya koymaktadır. 

Maliye Bakanlığı'nca belirlenen bu usuller gereği ücret brütleştirilerek vergi kesintisinin hesaplanması ve beyanı, sadece vergi güvenliğini sağlamak amacıyla, vergi idaresinin serbest bölgedeki işverenlerin koşulu verine getirip getirmemeleri acısından denetimlerine hizmet etmek üzere yapılan bir tür sanal işlemdir. Zira aksi bir düşünce Maliye Bakanlığı'nın 3218 sayılı Kanun'la tanınan muafiyeti kaldırma yetkisinin kabulü anlamına gelir ki; böyle bir yorum Anayasa md. 73/3’de yer alan “vergilerin yasallığı ilkesi”ne aykırı olur.

Nitekim Gelir İdaresi Başkanlığı Ekonomi Bakanlığı'na hitaben yazdığı 29.8.2012 tarih ve 68472 sayılı yazıda “ 1 sayılı Genel Tebliğ ile getirilen tahakkuktan terkin uygulamasının bir sonucu olarak tahakkuk ettirilerek işveren tarafından ödenmesi gereken vergi tutarının bir kısmından yine işveren lehine vaz geçildiğinin acık olduğu”nu belirtmiştir. Kocaeli Vergi Dairesi Başkanlığı da aynı konudaki bir özelge talebi dolayısıyla verdiği 22.5.2012 tarihli Özelgede de aynı yönde görüş bildirmiştir. Ayrıca Ekonomi Bakanlığı da Ege Serbest Bölge Müdürlüğü'ne yazdığı bir yazıda da bu hususu belirterek uygulamayı Maliye Bakanlığı görüşü doğrultusunda yönlendirmiştir.

Görüldüğü gibi devlet ekonomi yönetiminin görüşü de yukarıda açıkladığımız görüşümüzle aynı doğrultudadır. Ve bildiğim kadarı ile açılan, verginin ücretliye geri ödenmesi talepli davalar reddedilmektedir. Bumin Doğrusöz

------
NOT :
1. Kanunlarımızda maalesef muafiyet ve istisna kavramları doktrindeki anlamları gözetilmeksizin özensiz kullanılmaktadır. Bu tartışmaya hiç girmeden kanundaki muafiyet kavramını yazımda esas aldım. 
2. Benzeri bir tartışma teknoloji bölgeleri için de söz konusudur. Ancak orada da sonuç aynıdır. 

http://www.dunya.com/serbest-bolgelerde-ucret-istisnasi-161055yy.htm

Bu makalede yer alan açıklamalar, yazarının konu hakkındaki kişisel görüşünü yansıtmaktadır. Makaledeki bilgi ve açıklamalardan dolayı Özdoğrular smmm ltd. şti./Mehmet Özdoğru ve/veya ozdogrular.com./com.tr' ye sorumluluk iddiasında bulunulamaz. Mevzuatın sık değiştirilen ve farklı anlayışlarla yorumlanabilen yapısı nedeniyle, herhangi bir konuda uygulama yapılmadan önce konunun uzmanlarından profesyonel yardım alınmasını tavsiye ederiz.